Ιδρύθηκε το 1939 ταυτόχρονα με το λυρικό θέατρο ως τμήμα του Εθνικού (τότε Βασιλικού) Θεάτρου. Πρώτος διευθυντής του υπήρξε ο διακεκριμένος Τσέχος χορογράφος Σάσα Μάχοφ.
Αρχικά, το σώμα λειτουργούσε είτε ως μπαλέτο όπερας, δηλαδή συμμετέχοντας σε διάφορες παραγωγές λυρικού θεάτρου και οπερέτας, είτε παρουσιάζοντας αυτόνομες βραδιές χορού. Σταδιακά, ανέπτυσσε ολοένα και πιο φιλόδοξη δράση. Έτσι, αμέσως μετά την αυτονόμηση της Εθνικής Λυρικής Σκηνής το 1944, παρουσίασε ολοκληρωμένα μπαλέτα όπως, π.χ. τα μπαλέτα Ο θάνατος της Αντρειωμένης του Μανώλη Καλομοίρη και Ο αετός του Γεωργίου Σκλάβου. Από τη δεκαετία του 1980 άρχισαν να προστίθενται στο δραματολόγιο του οργανισμού ένα ένα τα μεγάλα ρομαντικά μπαλέτα.
Το 1994 τη διεύθυνση Μπαλέτου ανέλαβε ο χορογράφος Λεωνίδας ντε Πιαν, τον οποίο διαδέχτηκε το 1999 η Άννα Πέτροβα. Το 2006 διευθύντρια μπαλέτου έγινε η διάσημη Καναδή χορεύτρια και χορογράφος Λυν Σέυμουρ, την οποία ακολούθησαν ο Ρώσος χορευτής και χορογράφος Ιρέκ Μουχαμέντοφ (2007-2010) και η Χριστιάνα Στεφάνου (2010-2011). Το φθινόπωρο του 2011 το Μπαλέτο της ΕΛΣ ανέλαβε ο Ιταλός χορευτής και χορογράφος Ρενάτο Τζανέλλα. Το 2017, τη διεύθυνση του Μπαλέτου της ΕΛΣ ανέλαβε ο διεθνούς φήμης Αντώνης Φωνιαδάκης και την επόμενη χρονιά ο χορογράφος, σκηνοθέτης και εικαστικός καλλιτέχνης Κωνσταντίνος Ρήγος.
